Dewasa ini, berbagai masalah yang terdapat di Fokus area Pegandon-Ngampel menghambat kinerja fokus area menjadi permukiman yang berdaya saing dan terintegrasi. Hal tersebut dapat dilihat dari berbagai masalah yang ada seperti masalah yang berkaitan lingkungan, Sumber Daya Manusia, dan Transportasi. Berdasarkan hasil observasi lapangan, okupasi  transportasi umum di Fokus area Pegandon-Ngampel hanya sekitar 30-60%. Hal tersebut mengindikasikan transportasi umum sepi penumpang atau dengan kata lain tidak dimanfaatkan oleh masyarakat dengan optimal. Permasalahan selanjutnya adalah Lahan Pertanian Pangan Berkelanjutan  sebagai sumber pangan bagi masyarakat  terdapat di daerah rawan banjir. Selain itu, masih banyak masyarakat di Fokus area Pegandon-Ngampel yang memanfaatkan sungai sebagai MCK.