Permasalahan yang ada di Fokus Area Kota Kendal ini disebabkan oleh beberapa faktor yaitu belum optimalnya pelayanan dan sarana penunjang, masih rendahnya kualitas sumber daya manusia, sistem transportasi yang belum terintegrasi secara merata, kinerja ekonomi yang belum optimal, serta belum adanya nilai atraktif yang menarik investor di Fokus Area Kota Kendal. Permasalahan yang terdapat di Fokus Area Kota Kendal ini juga memiliki nilai prioritas yang dibuat berdasarkan hubungan antara satu masalah dengan masalah lainnya, tingkat urgensi setiap masalah, dan dampaknya apabila permasalahan tersebut tidak ditindaklanjuti. Untuk menyelesaikan permasalahan yang ada di Fokus Area Kota Kendal maka dibuatlah program, yang mana waktu pelaksanaan program tersebut disusun berdasarkan nilai prioritas yang didapatkan. Semakin tinggi nilai prioritas yang diperoleh, semakin mendesak pula permasalahan tersebut. Sehingga program yang disusun untuk penyelesaian permasalahan tersebut harus direncanakan dalam waktu yang sesegera mungkin dan dilakukan secara berkala.​